Докторската програма е предназначена за обучение в третата степен на висше образование и създава условия за придобиване на необходимите знания, умения и компетентности за разработване и успешна защита на дисертационен труд. Успешно защитилите дисертационен труд придобиват образователна и научна степен „доктор“ по “Военноприложни аспекти на защитата на населението и инфраструктурата на държавата”.
Целта на програмата е да се подготвят висококвалифицирани специалисти в сферата на военноприложните аспекти на защитата на населението и инфраструктурата на държавата, извършване на самостоятелна научна, научноизследователска и научнопреподавателска дейност. Обучението ще разшири и задълбочи общата и професионална, изследователска, информационна и управленска квалификация за развитие и управление на гражданско-военните отношения, свързани с перспективите за развитието на въоръжените сили, гражданските структури за управление при кризи и защитата на населението и инфраструктурата на държавата, съгласно изискванията на нормативната уредба в Република България.
Обучението се осъществява в редовна форма и чрез самостоятелна подготовка с продължителност до три години и в задочна форма с продължителност до четири години.