Докторската програма осигурява реализация на образователната дейност в третата степен на висше образование и създава условия за придобиване на необходимите знания, умения и професионални компетентности за разработване, успешна защита на дисертационен труд и придобиване на образователната и научна степен „доктор” по отраслите „Управление на сигурността и отбраната”, „Логистика на сигурността и отбраната”, „Икономически основи на сигурността и отбраната”, „Аадминистрация и управление на човешките ресурси в сигурността и отбраната”, „Стратегически комуникации”, „Сигурност във въздухоплаването”.
Целта на програмата е да се подготвят висококвалифицирани специалисти с научно-професионална експертиза по проблемите на организацията и управлението извън сферата на материалното производство в различни отрасли на сигурността и отбраната – управление на сигурността и отбраната, логистика на сигурността и отбраната, икономически основи на сигурността и отбраната, администрация и управление на човешките ресурси в сигурността и отбраната, стратегически комуникации, сигурност във въздухоплаването.
Обучението се осъществява в редовна форма и чрез самостоятелна подготовка с продължителност до три години и в задочна форма с продължителност до четири години.