В рамките на институционалната и програмната акредитация на Военна академия „Георги Стойков Раковски“, факултет „Командно-щабен“ е акредитиран по7 специалности за придобиване на ОКС магистър и по 7 програми за придобиване на ОНС „доктор“.
За придобиване на ОКС „магистър“ факултетът обучава последните специалности от област на висшето образование „Сигурност и отбрана“:

  1. В професионално направление „Военно дело“:
    • „Организация и управление на военни формирования на оперативно ниво“, специалност от регулираните професии, с 6 специализации:
      • „Сухопътни войски“;
      • „Военновъздушни сили“;
      • „Военноморски сили“;
      • „Логистика“;
      • „Комуникационни и информационни системи“;
      • „Административни процеси и дейности“.
  2. В професионално направление „Национална сигурност“, по следните специалности:
    • „Логистика на сигурността и отбраната”;
    • „Комуникационни и информационни системи и технологии в сигурността и отбраната“;
    • „Сигурност във въздухоплаването“;
    • „Защита на населението и критичната инфраструктура“;
    • „Управление при извънредни ситуации и защита на населението“, със следните специализации:„Защита на населението при бедствия, аварии и катастрофи“, „Екологична сигурност“ и „Индустриална и енергийна сигурност“;
    • „Сигурност и противодействиенарадикализацията и тероризма“.